Esta fue la cuarta derrota consecutiva del cuadro felino en semifinales en torneos cortos. Ese mismo año ganó el título de campeón de campeones tras derrotar al Pachuca, campeón del Apertura 2003. En diciembre cerró un año perfecto con la coronación en el Torneo de Apertura, venciendo en la final al Monterrey y convirtiéndose en el primer bicampeón en torneos cortos en la Primera División Mexicana. El equipo pasó por varias jornadas de pésimos resultados, e incluso recibió una de las mayores goleadas de su historia, al ser aplastado por el Cruz Azul por marcador de 0-5 el 28 de agosto de aquel año, justo el día del aniversario número 51 del club universitario.
